Новая панель захвата последовательности-мишени облегчает обнаружение вирусов в образцах пациентов

Недавно разработанная панель захвата последовательности-мишени ViroCap, которая была спроектирована для обогащения нуклеиновой кислоты из ДНК- и РНК-вирусов, заражающих позвоночных животных, позволяет быстро обнаруживать неизвестные вирусы в образцах пациентов.

Метагеномное секвенирование методом дробовика (Metagenomic shotgun sequencing - MSS) – важный инструмент для определения характеристик вирусных популяций. Оно является культура-независимым, не требует априорного знания вирусов в образце и может дать полезную геномную информацию. Однако MSS может испытывать недостаток чувствительности и может предоставлять недостаточно данных для детального анализа. Для решения этих проблем исследователи Медицинского института Вашингтонского университета (Сент-Луис, штат Миссури, США) создали панель захвата последовательности-мишени ViroCap, предназначенную для обогащения нуклеиновой кислоты из ДНК- и РНК-вирусов из 34 семей, которые инфицируют позвоночных животных.


Во время разработки ViroCap исследователи представили сводные последовательности-мишени компании 454 Roche NimbleGen (Мэдисон, штат Висконсин, США) для проектирования библиотеки захвата и синтеза. Этот вычислительный подход ужимает почти один миллиард пар оснований (base pairs - bps) эталонной последовательности вирусов менее чем в 200 миллионов bps уникальной, характерной последовательности, подходящей для захвата последовательности-мишени. Эти последовательности были использованы в качестве зондов для захвата вирусов в образцах пациентов, которые были генетически подобны. Подходящий вирусный материал анализировали с использованием высокопроизводительного генетического секвенирования.

Исследователи использовали ViroCap для анализа двух наборов образцов, один из которых был получен из образцов, направленных в диагностическую лабораторию вирусологии, а второй был получен из образцов, собранных при исследовании лихорадки у детей. Было сообщено о выявлении 14 и 18 вирусов в двух наборах, соответственно, включая 19 родов из 10 семейств. По сравнению со стандартными методами обнаружения на основе геномики, с помощью метода ViroCap было найдено на 52% больше вирусов.

"При использовании этого теста вам не нужно знать, что вы ищете, — заявил старший автор доктор Грегори Сторч (Gregory Storch), профессор педиатрии из Медицинского института Вашингтонского университета. — Он забрасывает широкую сеть и может эффективно обнаруживать вирусы, которые присутствуют на очень низком уровне. Мы считаем, что тест будет особенно полезен в ситуациях, когда после стандартного тестирования диагноз остается уклончивый, или в ситуациях, в которых причина вспышки заболевания неизвестна".

Ссылки по теме:
Медицинский институт Вашингтонского университета
454 Roche NimbleGen