肠病毒D68基因组的测序

By LabMedica International staff writers
Posted on 09 Feb 2015

最近几个月，罕见的肠病毒D68 (EV-D68)在北美迅速蔓延，引起儿童的严重呼吸道疾病，一些儿童需要住院。

常规化验无法鉴定特异的肠病毒，大多数医院和诊所所做的化验只能确定病人体内是否存在属于肠病毒/鼻病毒大类的病毒。由于只有专门的化验室能鉴定该病毒，因此仅有美国43个州加上哥伦比亚特区的594例EV-D68病毒感染得到官方确认。

图片：FilmArray系统是多重聚合酶链诊断平台（图片蒙BioFire诊断公司惠赐）。

美国华盛顿州圣路易斯华盛顿大学医学院的科学家分析了14份检验结果呈肠病毒/鼻病毒阳性的病人样本。他们用一份临床样本核酸的高通量测序确定了圣路易斯一株菌株的完全编码序列。为评估在圣路易斯市区流通的EV-D68菌株的序列多样性，他们还用相关地区的八份EV-D68阳性临床样本生成了部分基因组序列。

用美国犹他州盐湖城BioFire诊断公司(Salt Lake City, UT, USA)的BioFire FilmArray呼吸道试剂盒检验鼻咽样本，从部分呈肠病毒/鼻病毒阳性的样本中选择余料，进行高通量测序。用法国马西伊特莱尔生物梅里埃公司的NucliSENS easyMAG从临床样本中提取总核酸，用它制作dual-indexed测序文库。用罗氏/NimbleGen (Madison, WI, USA)的NimbleGen定制序列捕捉试剂浓缩肠病毒/鼻病毒序列，到2014年2月为止该试剂对GenBank中所有完整的肠病毒和鼻病毒基因组都有选择性。序列数据在Illumina公司(San Diego, CA, USA)的HiSeq 2500上生成。

所检验的14份病人样本中，九份被鉴定为EV-D68感染，其余五份样本是其它的呼吸道病毒。九名存在EV-D68菌株的患者中的七人患有要求住进儿童重症监护室的严重疾病。其余两人有中度症状，住进了普通医院。有其它病毒的五名患者中，三人被归为严重疾病，唯一的两名出院回家的轻微疾病患者没有EV-D68菌株。

该研究的论文发表于2014年10月28日的《新发传染病》(Emerging Infectious Diseases)杂志。资深作者、儿科教授Gregory A. Storch大夫说：“掌握了这种病毒的DNA序列，我们就能开展进一步研究。可以用它来产生更好的诊断检验。它还能帮助我们理解为什么这种传染病导致了不寻常的严重疾病，以及为什么它比过去扩散得更广。”

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