Пронализирована функциональная геномная природа острого миелоидного лейкоза

Острый миелоидный лейкоз - это рак миелоидной линии клеток крови, характеризующийся быстрым ростом аномальных клеток, которые накапливаются в костном мозге и крови и препятствуют развитию нормальных клеток крови.

Реализация таргетной терапии острого миелоидного лейкоза (ОМЛ) была трудноосуществимой из-за сложных паттернов мутаций как в рамках организма одного пациента, так и в их совокупности, а также из-за нехватки фармакологических препаратов для большинства мутационных событий.

Ученые из Орегонского Университета науки и здоровья (Oregon Health & Science University; Портленд, штат Орегон, США) использовали секвенирование экзома, секвенирование РНК и/или тестирование ex vivo на лекарственную чувствительность для профилирования до 672 образцов опухолей от 562 пациентов с ОМЛ. В дополнение к выявлению повторяющихся мутаций, ранее не описанных в заболевании, были обнаружены паттерны ответа на лечение, которые соответствовали определенным комбинациям мутаций или сигнатурам экспрессии генов.

В рамках программы под названием "Beat AML" команда провела экзомное секвенирование спаренных концов с помощью аппарата Illumina HiSeq 2500 на 622 образцах опухолей. Было также выполнено секвенирование РНК на 451 образце опухоли от 411 пациентов с ОМЛ и тестирование чувствительности к лекарственным препаратам с 122 препаратами на 409 образцах опухоли от 363 пациентов с ОМЛ.

Команда раскрыла профили транскриптома, связанные с частыми мутациями опухоли или подмножествами опухолей со специфическими цитогенетическими особенностями, а также с комбинациями экспрессии генов и мутаций, которые присутствовали, когда опухоли реагировали или не реагировали на различные лекарства. В тех случаях, когда устойчивость к лекарственным средствам была распространена в опухолях, содержащих мутации в TP53, NRAS, KRAS, IDH1 или в гене, кодирующем регулятор транскрипции ASXL1, отмечалось, что опухоли, положительные по мутациям IDH2, имели тенденцию к чувствительности к лекарствам. Анализ команды также выявил специфическую чувствительность к лекарственным средствам, соответствующую целевым методам лечения, таким как MAP-киназа, PIK3C, mTOR или ингибиторы JAK. Эти и другие данные доступны другим ученым в режиме онлайн при помощи просмотрщика данных Vizome.

Доктор философии Джеффри Тайнер (Jeffrey Tyner), адъюнкт-профессор и ведущий автор исследования, сказал: "Наш набор данных может быть полезным, чтобы увидеть, соответствует ли эта конкретная генная мутация определенной чувствительности к лекарственным препаратам. Мы считаем, что такой набор данных поможет врачам легче находить решение конкретным проблемам". Исследование было опубликовано 17 октября 2018 года в журнале Nature.

Ссылки по теме:
Орегонский университет науки и здоровья