Комбинированные ДНК-технологии проанализированы на диагностику малярии

Малярия является одним из наиболее важных паразитарных инфекционных заболеваний, риску заражения которыми подвержена почти половина населения мира. В настоящее время доступно несколько диагностических методов для обнаружения инфекции, однако по-прежнему требуются более чувствительные тесты для применения во внелабораторных условиях.

Метод изотермической амплификации с формированием петель (loop-mediated isothermal amplification - LAMP) представляет собой инструмент для амплификации ДНК, в котором она может быть достигнута путем инкубации при стабильной температуре. Параллельно становится доступным простой метод выделения ДНК, способ сверхбыстрого выделения (procedure for ultra-rapid extraction - PURE), который может продуцировать ДНК-раствор, подходящий для реакции LAMP без использования центрифуги.

Ученые из Университета Цукубы (University of Tsukuba; Ибараки, Япония) и их коллеги использовали в качестве эталона вложенную полимеразную цепную реакцию (ПЦР) и протестировали 117 образцов, включая 46 образцов Plasmodium falciparum, 7 P. vivax, 9 P. ovale, 4 P. malariae, и 51 отрицательный случай. Микроскопический диагноз проводился микроскопистами-экспертами на оптических микроскопах с окрашенными по Гимзе тонкими мазками крови. Быстрые диагностические тесты (Rapid diagnostic tests - RDT) проводились с использованием BinaxNow Malaria. ДНК была выделена с использованием набора для выделения ДНК Loopamp PURE DNA Extraction Kit, реакции LAMP проводились с помощью набора Loopamp MALARIA Pan/Pf Detection Kit.

Команда сообщила, что PURE-LAMP Pan правильно идентифицировала 64 из 66 положительных и 51 отрицательных образцов. Среди Pan-положительных образцов 45 образцов P. falciparum также были обнаружены с помощью PURE-LAMP Pf. Наборы PURE-LAMP Pan и PURE-LAMP Pf имели соответствующую чувствительность 96,96% и 97,82% и общую специфичность, равную 1. Все отрицательные по PURE-LAMP также были признаны отрицательными с помощью микроскопии. Только два образца, положительных по PURE-LAMP [Pan(+)Pf(+)], которые соответствовали диагнозу P. falciparum с помощью вложенной ПЦР, были ошибочно диагностированы с помощью микроскопии как отрицательные.

Авторы пришли к выводу, что фильтровальная бумага может использоваться в качестве вспомогательного средства в полевых условиях, так как позволяет собирать, переносить и хранить образцы без холодильной камеры. Учитывая разработанный для полевых условий комбинированный метод PURE-LAMP, подобная система с высушенными образцами крови позволит максимально эффективно использовать свойство фильтровальной бумаги при правильной эксплуатации. Система PURE-LAMP является надежной при использовании с сухими каплями крови и может применяться во внелабораторных условиях. Исследование было опубликовано 22 октября 2018 года в журнале Malaria Journal.

Ссылки по теме:
Университет Цукубы